يوم الإثنين الرابع عشر من ذي القعدة 1551 هجرية المصادف ليوم 8 تموز 2020 .
و كان قد أعتقل هو و أخوه الشيخ عبد الأمير شمس الدين من قبل نظام #صدام_المجرم.. في سرداب تحت الأرض ، عندما كانا في النجف الأشرف ، مع مئات بل الآلاف من أساتذة و طلاب الحوزة الدينية في العراق ، و استُشهد أكثرهم ، و سكنوا في المقابر الجماعية التي ملأت العراق ، عدا المنطقة الغربية منه.. 
أنعى إنتقال سماحة الشيخ محمد جعفر عبد الكريم شمس الدين ، أخ المرحوم الشيخ محمد مهدي شمس الدين الرئيس السابق للمجلس الأعلى الإسلامي الشيعي الأعلى في لبنان  ، إلى رحاب الرحمة الواسعة ، الواسعة ... بعد أن عاش عمرا ً مديدا ً لأكثر من 94 عاما ً..
و قد دُفن بجوار بطل الإسلام الخالد الإمام علي بن أبي طالب عليه السلام ، في وادي السلام بعد عمر زاد على  قضاه في العطاء و المقاومة ... 
و هذه هي الصفحة الأولى من ترجمته و فيها معلومات مثيرة جدا ً عن إعتقاله        في اضغط هنا #موسوعة_عن_قتل_مراجع_الدين_وعلماء_وطلاب_الحوزة_الدينية_لشيعة_بلد_المقابر_الجماعية_العراق ،  الموسوعة  ُطبعت طبعتين الأولى من قبل مؤسسة شهيد المحراب ، مشكورة ً، و الثانية من قبل سماحة السيد جواد الشهرستاني ، صهر المرجع السيد علي السيستاني، مشكورا ً